STORY
秘密組織「S」のクラスⅡに所属する久慈乱麻（クジランマ）は上官命令で突然異動することに…
その異動先は誰もが恐れる「シークレットクラス」であった。
気乗りしない乱麻だったがやむを得ず荷物をまとめシークレットクラスへ。
彼を待ち受けていたのは恐怖には程遠くわりと普通のクラスメイトたちだった。
しかし、「シークレットクラス」は乱麻の想像以上に過酷なクラスであった。
果たして彼の運命はいかに…
「シークレットクラス」は組織内で唯一戦闘時にバディシステムを導入したクラス。
5年前に三里 英之（ミサトヒデユキ）上官によって結成されたクラス。
初期メンバーは乱麻以外の現在のメンバー＋№0の瀬濃志津香（セノウシヅカ）の6人構成であった。
しかし、瀬濃は戦闘中に命を落とし欠員が出たため乱麻が選ばれた。
能力の高いクラスⅠから選出されるだろうと誰もが噂する中クラスⅡからの異例の選出に周囲は驚愕した。
乱麻を加え新たな「シークレットクラス」が始動する。
Secret class ?
「バディシステム」
二人組になり行動を共にする戦闘体制。
必ず「攻撃」と「守備」の二人構成。
特別指示がない限り戦闘時は攻撃側に従う。
「攻撃」～武器は自由
※（）は解除モード時の特殊能力。
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乱麻⇒ロングソード（空中浮遊）
奈也⇒グラディウス※二刀流（速度UP）
野衣⇒ファルシオン（破壊力UP）
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「守備」～盾はなく仮想シールド
※（）は発動モード時の特殊シールド。
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菊乃介⇒打撃攻撃に強い（ミルシールド）
浅海⇒熱攻撃に強い（火炎放射式シールド）
春⇒遠距離攻撃に強い（吸収式シールド）
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「リミット及び解除」
「攻撃」の者にはリミットと呼ばれる特殊チップが体内に内蔵されており「解除」モードで一定時間特殊能力を発動。
ハイリスクだが戦闘時非常に有利である為、シークレットクラスは通常戦闘時に何度も「解除」を繰り返す。
「仮想シールド及び発動」
「守備」の者には仮想シールドと呼ばれる特殊チップが体内に内蔵されており手を縦か横に軽く振るだけでシールドを張る事が出来る。
シールドには種類があり人物に適したチップを内蔵。
また攻撃側のリミット解除機能と同等の「発動」モードがあり、発動で一定時間攻撃側に援護出来る又は守備をより強固する特殊シールドを張る事が出来る。
「私生活もバディシステム」
「シークレットクラス」は組織本部敷地内にある寮生活が基本。
バディは特別な事情がない限り原則同室。個人にルームキー（1枚）が与えられている。
個人認証システム搭載のため同室であってもバディのルームキーは使用不可。
「執行 マナト-sigyou manato-」
とある研究所の研究員（？）
最強の戦闘兵器を開発中と噂だが実際のところ詳細は不明。